Злодей Магнето был побежден, после неудачной попытки захватить мир, теперь заточен в пластиковую тюрьму. Человечество могло бы более спокойно относится к созданиям имеющим сверхспособности, ведь они спасли Землю. Но происходит таинственное покушение на американского президента, что вызывает новую волну ненависти и недовольства.
Антагонист второй части фильма – Уильям Страйкер. В прошлом он был военным, и проводил эксперименты над мутантами. Он решает создать отряд, который смог бы уничтожить этих мерзких тварей. Логан был его подопытным, но память стерта, и он не помнит прошлых событий. Росомаха пытается откопать правду и вернуть воспоминания, разобраться, что же случилось на самом деле. Он не успевает завершить начатое. Уильям активирует разработанную программу, которая должна убить всех сверхсуществ. Совершает нападение, на специальную школу, руководитель которой профессор Ксавьер.
В это же время Магнето сбегает из заточения. Ксавьеру приходится уступить принципам и объединится с недругом, чтобы остановить и дать отпор общему врагу. Чем закончится противостояние таких мощных противников, кто одержит победу в этот раз, коснется эта схватка мирных граждан?