Теперь миру угрожает красавица Джин Грей, она воскресла, но переродилась в опасное создание. Оживил девушку Циклоп, ее возлюбленный, приехавший, туда, где убили любимую. Она, восставшая из глубин озера, поцеловала мужчину, что моментально убило его. Прибывшие на место происшествия Логан и Шторм находят девушку без сознания, забирают в лабораторию, где профессор выясняет, что телом погибшей управляет Темный Феникс, который представляет невероятную угрозу для всего живого на планете. Магнето удается убедить опасного Феникса встать на его сторону. Теперь на его стороне небывалое преимущество, он заручился поддержкой могущественного существа.
Появляется лекарство, способное предотвратить генетические мутации. Препарат может помочь обществу бороться с мутантами, теперь их можно превратить в обычных людей. Они смогут лишить сверхъестественных существ их сил. Перед каждым человеком Икс встает дилемма, воспользоваться лекарством или нет. Главного соратника Магнето Мистик случайно лишают сил, и Эрик оставляет ее, ведь в обличии простого смертного она ему больше не интересна. Финальное сражение произойдет между воспитанниками профессора Ксавьера и Магнето, которая подведет черту глобальных противостояния заклятых врагов.