Фильм рассказывает предысторию о Чарльзе и Эрике. До того, как стать Профессором Х, сесть в инвалидное кресло и завести заклятого врага Магнето, парни были близкими друзьями, одержимыми идеей искать и помогать таким же созданиям, как они. Сюжет повествует о развитии их отношений, происходящих на фоне Карибского кризиса. Все произошло из-за Себастьяна Шоу, он поставил Землю на грань Третье мировой войны. Главные герои решили спасти планету, тем самым завоевать уважение общества. Все шло хорошо, они справлялись с противостоянием, но в определенный момент их цели и методы расходятся. Злодеями не рождаются, а становятся. Магнето осознает, что мир не его цель.
Ксавьеру удается узнать замысел Шоу, он считает, что появление мутантов ускорила эпоха войн. Если начать ядерное сражение, можно все переиграть. Уничтожить человечество и создать могущественную цивилизацию людей со сверхспособностями, главой которой он и станет. Он пытается переманить на свою сторону подростков со сверхъестесвенной силой, некоторые соглашаются, но большинство против. Завязывается схватка, и специализированная школа уничтожается. Теперь профессор переезжает в семейный особняк, где настроен подготовить сврехсуществ для предстоящей битвы.