У огра-здоровяка дела идут просто замечательно: он с Фионой, наконец, уединились и могут спокойно побыть вместе. Но новые увлекательные, опасные приключения, вновь поджидающие персонажей, терпеть не намеренны. Разнообразные трудности нахлынули одна за другой: возлюбленная зелёного гиганта мечтает завести ребёнка, но глава семейства не готов и категорически не одобряет этого предложение, тем самым расстраивая её, ведь она уже беременна и не знает, как сказать, боясь негативной реакции мужа. Также страшная старуха с косой приходит к королю Гарольду, оставляя тем самым престол без правителя.
Шрек и его жена теперь вынуждены занять место властителя. Но в действительности оказывается, что царская жизнь им не подходит и абсолютно не нравится. Их удел — это спокойное родное болото, полное уюта и любви. Единственный верный выход, избавляющий от тяжёлого бремя, – найти другого наследника, которым оказывается достаточно умный, но всеми недооценённый, обсмеянный Артура, и сам не знающий чего хочет. Уговаривать его занять законное место отправится Шрек вместе с Котом и остроумным, смешным Ослом, у которого кстати уже появились милые детки. И, конечно же, без козней ничтожного принца Чарминга не обойдётся...