На дворе стояло начало 1930-ых годов. Третий Рейх уже заявил о своем существовании миру, а преподаватель археологии и по совместительству специалист по оккультным наукам и известный искатель приключений доктор Джонс, мирно жил своей привычной жизнью, изучая науки и делясь информацией с учениками в одном из университетов столицы. Будучи талантливым ученым, он находил уважение у множества умных людей, которые нередко спрашивали у него советов. Но, однажды, Индиана Джонс неожиданно получил от правительства США весьма непростое задание, с которого началось его первое поистине захватывающее и повлиявшее на всю его дальнейшую судьбу приключение.
Политические деятели поручили герою отыскать тот самый легендарный ковчег, с которого и начало расселение первых безгрешных людей по всей планете. Оказалось, что древнюю реликвию истории уже давно разыскивают нацисты. Попав в руки грешников, священный артефакт был бы осквернен и уничтожен, а за ним пропала бы вся история, произошедшая с Землей и остатки людской веры в то, что человечество еще способно опомниться и постараться построить морально здоровое общество. Чтобы первым добраться до цели, Индиана едет в Непал, чтобы встретиться с наставником Абнером.