С событий, описанных в первой части, прошло 4 года. Российский ученый по имени Владимир Нехтерович, который работает на крупную фармацевтическую компанию, смог разработать инновационный препарат от гриппа. В результате лабораторного тестирования был создан новый штамм вируса, на котором и испытывали инновационное лекарство. Нехтерович дал ему название – «Химера». Погрязший в коррупции, глава лекарственной корпорации – Джон МакКлой, вступает в преступный заговор с бывшим агентом IMF – Шоном Амброузом. Его цель – передать «Химеру».
Ученый понимает, что вирус может оказаться не в тех руках. Но при попытке отдать ее американскому правительству, Нехтеровича убивают членами банды Амброуза. Последний собирается шантажировать власти. Он хочет выкупить контрольный пакет акций фармкомпании и заработать внушительное состояние на продаже вакцины от страшного заражения. Противостоять преступнику может только Итан Хант. На помощь его отряду приходит воровка в прошлом– Найя, с которой у Итана когда-то был роман. Теперь у команды противостояния есть меньше суток, чтобы найти Амброуза и спасти человечество от инфекции.