События фильма разворачиваются в 2010 году. Сотрудник ЦРУ Итан Хат наслаждается жизнь со своей будущей женой – Джулией. Однажды вечером в магазине он видит своего давнего приятеля – агента Джона Масгрейва. Тот передает ему запакованную камеру и удаляется. У себя дома Итан просматривает видеопленку. На ней он наблюдает свою бывшую ученицу по имени Линдси Фэррис. Она попала в плен к торговцу оружием Оуэну Дэвиану. Последний раз ее видели в Берлине. Хант направляется в аэропорт. Здесь он встречает с сотрудниками специальной службы.
Вместе они уезжают в Германию. Именно здесь в одном из заброшенных зданий столицы находится пленница. Задача заключается в том, чтобы –спасти женщину. Используя автоматические пулеметы и мини-бомбы, отряду удается вытащить девушку. За ними организовывается погоня, в ходе которой в голове у спасенной обнаруживается вживленный чип. В попытках избавиться от устройства, он разрывается, и та умирает. Итана Ханта отстраняют от этой миссии. Однако Фэррис успевает отправить своему учителю микроточку. Но никакой информации на ней не оказалось. Итан снова собирает команду, которая помогала ему спасать Линдси и отправляется в Ватикан, где им придется столкнуться со злом.