Отряд «Миссия невыполнима» вмешивается в планы террористической группировки «Синдикат» и предотвращает переброску оружия. Хант подозревает, что это далеко не единичная акция. Он выясняет, что речь идет о масштабной секретной организации, цель которой – изменить существующий мировой порядок и захватить власть.
Отправившись на явку в Лондон, спецагент оказывается в руках неизвестных злодеев. Ему удается бежать. В этом ему помогает Ильза Фауст, из числа похитителей. После освобождения герой получает неприятное известие: деятельность ОМН приостановлена, а на самого Итана объявлена охота. Теперь он вынужден скрываться от спецслужб своей страны и своих коллег.
Хант не тратит время понапрасну. Убегая от преследователей, он не прекращает расследования, связанного с преступной организацией. Герой узнает, что в нее входят уволенные сотрудники разведслужб. Ими организовано уже несколько крупных терактов. Остается выяснить самое главное: кто возглавляет «Синдикат». За помощью Итан обращается к Бенджи Данну. Они договариваются встретиться в Австрии, в здании Венской оперы. Их ждет практически невыполнимая миссия. Рассчитывать они могут только на свои силы, ведь поддержки ждать неоткуда.