Действия разворачиваются спустя 2 года после событий первой части. Автоботы одержали верх над десептиконами, останки их предводителя — Мегатрона — погребены на дне Марианской впадины. Команда победителей под предводительством Оптимуса Прайма объединилась с людьми в специальное подразделение, чтобы сражаться с остатками группы десептиконов.
Во время обезвреживания очередного злодея — Демолишера — тот произносит загадочную фразу перед смертью. Предрекает возвращение некого Фоллена, что сулит большие неприятности. Он был одним из семи праймов, 17000 лет, назад странствовавших по Галактике, искавших звезды для создания технологии Энергон. У них было одно правило — не истреблять планеты, где существует жизнь. Фоллен нарушил это правило и установил гаситель звезд на Земле. Его братья сумели остановить бунтующего, артефакт необходимый для активации гасителя спрятали. Теперь команде героев предстоит снова спасти человечество, ведь расположение осколков Матрицы установлено. Удастся ли роботам одолеть древнее зло и остаться жить на планете предстоит выяснить.