Пингвины починили самолет и сбежали из Африки отдыхать в Монте-Карло. Их старые знакомые лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман, бегемот Глория и лемур-король Джулиан отправились за ними. Друзья не теряли надежду оказаться в Нью-Йорке и планировали уговорить смышленых пернатых подбросить их до мегаполиса. В результате поиски оказались успешными, но привлекли внимание местных властей. Шумные звери сильно напугали людей, поэтому на отлов была отправлена капитан Шантель Дюбуа – амбициозный офицер ветконтроля. Женщина вознамерилась добыть голову Алекса для своей обширной коллекции трофеев.
Товарищи, пытаясь скрыться от преследования, повстречали на своем пути поезд. Его владельцами были цирковые животные. Те согласились скрыть беглецов, но лидер труппы тигр по имени Виталий не доверял новым пассажирам. Ребята решили притвориться, что тоже являются артистами и рады давать представления вместе с новыми знакомыми. Теперь бывшим жителям Нью-Йоркского зоопарка необходимо придерживаться легенды и постараться не выдать себя. Это будет очень непросто, ведь циркачи оказались очень хорошими приятелями. Да и нельзя забывать, что по следу все еще идет госпожа Дюбуа, которая не намеревается отказываться от своих планов.