Наступает 2089 год, и человечеству наконец-то удается разгадать тайну собственного происхождения. Ученые находят рисунки, изображающие странных, очень высоких существ — свидетельство того, что люди — это потомки древних инопланетных цивилизаций. Чтобы отыскать стоянку космических предков, земляне снаряжают исследовательскую экспедицию — в далекий путь отправляется суперсовременный корабль, а на борт «Прометея» приглашается самая опытная команда. Поскольку путешествие займет сотни лет, экипаж погружается в анабиоз, а следить за процессом полета остается андроид Дэвид. За долгие годы одиночества робот слишком многому обучается. Когда корабль прибудет к месту назначения, это сыграет с космонавтами злую шутку, но пока они спят и ничего не подозревают.
Едва «Прометей» достиг противоположного края Вселенной, пробудившаяся команда высадилась на планетоид. Увиденное гостей разочаровало: им не встретилось ни одного живого представителя гуманоидной расы. Кругом лежали лишь их костные останки. Что-то страшное и опасное заставило местных обитателей в пешке покинуть обжитую планету. Но что? Заглянувший в секретное хранилище Дэвид крадет оттуда загадочную черную субстанцию. Решив выяснить, как она влияет на теплокровных, любопытный искусственный разум подмешивает жидкую находку в еду случайного астронавта.