После событий первой предыдущей части прошло пять лет. Бывшие сотрудники Федерального Бюро Расследований начали новую жизнь. Данна Скалли устроилась работать в госпиталь, в котором охраняет тяжелобольных детей. Малдер скрывается от правительства, попутно расследую сверхъестественные дела и собирая секретную информацию. Однажды бесследно пропадает агент ФБР. Правительство понимает, что с таким запутанным делом справятся лишь Данна и Фокс.
Главных героев убеждают принять участие в поисках. Напарники вновь воссоединились, но на долго ли? Напряжение между коллегами не спадает, ведь им нужно обсудить многое. Например, общего ребенка. Начальство сводит мужчину и женщину со священником, осужденным за педофилию. Именно этот человек обладает паранормальными способностями. Заключенному приходят видения, в которых он видит преступника, что похищает и убивает девушек. Данная информация сильно помогает агентам. Малдер и Скалли подбираются все ближе к человеку, устроившему такой хаос. Однако, злодей тоже умен. Он выкручивается из сложных ситуаций и вновь избегает тюремного наказания. Расследование замедляет еще и то, что напряженная атмосфера не дает бывшим возлюбленным сосредоточиться исключительно на деле.