Преступник, скитающийся между галактиками, по имени Борис Животное – один из представителей расы боглодитов, которая считается вымершей. Боглодиты были инопланетными бандитами, которые разрушали целые миры, используя для этого способности своей наемницы Лилли. Последняя совершает побег из-за стен лунной тюрьмы, именуемой «Луна-Макс». Борис хочет вернуться в прошлое. Его цель – убийство тайного агента Кея.
Четыре десятилетия назад Кей, будучи еще молодым и неопытным агентом, лишил преступника руки. Именно благодаря его усилиям Борис оказался в заключении. После ожесточенной перестрелки с людьми в черном, Животное сбегает. Его мучают сожаления, что в прошлом ему так и не удалось избавиться от Кейна. Бандит возвращается в свое прежнее жилище. Здесь его след теряется. Джей помнит своего напарника живым. В то время, как для остальных членов тайной агентурной сети тот уже давно мертв в результате попытки Бориса вернуть время назад и исполнить задуманное.
Агент по имени Оу вместе с Джеем делают вывод, что переворот случился в пространственно-временном континууме. Они понимают, что вероятным виновников событий является Борис Животное. В это же время боглодиты начинают свое вторжение на территорию Земли. Людям в черном снова предстоит преодолеть ряд испытаний, чтобы спасти планету.