Положив множество жизней ради своей цели, люди создают свободный от влияния Искусственного интеллекта город - Зион. Каждому из обитателей этого места предстоит выдержать сражение со злом. Агент Смит, возглавляющий службу безопасности Матрицы, готовит масштабное наступление. Он намерен стереть в прах даже память о глупцах, бросивших вызов разумным машинам.
Начинается атака на Зион. Его защитники с трудом сдерживают натиск врага. В этот тяжелый час Нео зависает между реальным и иллюзорным миром. Находясь без сознания, он ничем не может помочь своим единомышленникам. Бесстрашная Тринити всячески старается защитить безоружного напарника от нападок агента Смита и его ищеек. А Морфиус неожиданно узнает о том, что на протяжении многих лет шел по ложному пути. Отважный герой теряет самообладание и впадает в глубокую депрессию. Он не в силах справиться со своим гневом и разочарованием.
Хитроумный Хозяин решает воспользоваться сложившейся ситуацией, чтобы разгромить отряды Сопротивления. Пока Избранный Нео не вернулся в строй, а Морфиус не смирился со своей ошибкой, человечество обречено на полное уничтожение. Удастся ли отчаянным героям выстоять в этой нелегкой битве?